Децата развиват своя уникален микробиом още докато са в утробата на майката и през първите си години. Смята се, че дисбалансът в микробиома е отговорен за много заболявания. Пробиотиците играят важна роля в поддържането на здравословен микробиом, наситен с достатъчно полезни бактерии. Пробиотиците са широко използван натурален лек при различни състояния. Според годишното Националното здравно проучване, проведено от Центъра за контрол и превенция на заболяванията в САЩ, пробиотиците са третия най-често използван натурален продукт, който родителите дават на децата си. Пробиотиците могат да помогнат за облекчаване на симптомите на запек, колики и киселинен рефлукс при бебета и деца. Освен това, могат да бъдат от полза за предотвратяване на вторични инфекции и диария, по време на антибиотично лечение. Пробиотиците могат дори да помогнат за предотвратяване на екзема и алергии при някои бебета, ако майката ги приема по време на бременност и кърмене.